La región Andina esta conformada por las tres cordilleras del país, desde la vertiente oriental de la cordillera occidental hasta la vertiente occidental de la cordillera oriental, dentro del área se encuentran los valles interandinos de los ríos Cauca y Magdalena, éste ultimo el más largo de Colombia. La región Andina es bastante extensa y diversa, gracias a esto en su territorio se hallan áreas protegidas como 13 Parques Nacionales Naturales, 5 Santuarios de Fauna y Flora y 1 Área Natural Única. La región Andina ha sido el propósito de muchas organizaciones como la WWF, CI que se esfuerzan por recuperar ecosistemas extintos, como el caso de los manglares del Parque Natural Isla de Salamanca, destruidos a fines de los años 60 por la construcción de un tramo de la carretera Troncal del Caribe que cortó el intercambio entre agua salada del mar y agua dulce de la Ciénaga Grande de Santa Marta. La muerte de esta extensa zona de manglar ha sido considerada uno de los más grandes desastres ecológicos ocurridos en Colombia. La Región Andina es una de las zonas más intervenidas del país, especialmente con la expansión agrícola, en el Valle del Cauca por ejemplo, existen amplias extensiones de monocultivos de caña de azúcar. Los valles interandinos del Cauca y Magdalena han sufrido cambios drásticos en su estructura, han desaparecido humedales secados para plantaciones o para viviendas, madreviejas, los suelos que daban paso a los bosques representativos de estos valles se han desertificado. En la cuenca media del río Cauca existió un humedal casi continuo desde Santander de Quilichao al sur del Valle del Cauca, hasta Cartago y en la actualidad está restringida a una pequeña laguna, de solo 20Km2 equivalente al 10% de su tamaño original, esta es la laguna de Sonso.

Al noroeste de la Región Andina se encuentra el Corredor Andino de Roble, que contiene una de las mayores extensiones de árboles de roble (familia Fagaceae) del país y según el WWF, esta zona presenta muchos elementos únicos de biodiversidad, incluyendo un sinnúmero de especies endémicas, además de animales que requieren grandes extensiones de hábitat natural para sobrevivir, como el oso andino, frontino o de anteojos (Tremarctos ornatus) y la danta de montaña (Tapirus pinchaque). En el centro del país se encuentra el PNN Sumapaz que posee características propias de la diversidad amazónica y andina, incluyendo especies de aves frugívoras y colibríes (familia Troquílidos, orden Apodiformes) que realizan migraciones en estas laderas.